Bien qu'elles ne soient pas officiellement incluses dans la structure de la Commission du Codex Alimentarius, les Réunions conjointes d'experts FAO/OMS sur l'évaluation des risques microbiologiques permettent de transmettre les avis d'experts scientifiques indépendants à la Commission et aux comités spécialisés y afférents. La FAO et l'OMS disposent, pour ces réunions, de sites Web distincts où les travaux sont présentés selon le point de vue de chaque organisation.